ที่ปลายสุด 3" ของเทโลเมียร์มีคู่เบส 300 คู่ยื่นออกมา ซึ่งสามารถบุกรุกส่วนที่เป็นเกลียวคู่ของเทโลเมียร์ ก่อตัวเป็นโครงสร้างที่เรียกว่า T-loop ห่วงนี้คล้ายกับปม ซึ่งช่วยรักษาเสถียรภาพของ เทโลเมียร์ และป้องกันไม่ให้ปลายเทโลเมียร์ถูกจดจำโดยเครื่องจักรซ่อมแซมดีเอ็นเอว่าเป็นจุดพัก หากปลายของเทโลเมอริกเกิดการรวมตัวกันแบบ non-homologous ก็จะเกิดการหลอมรวมของโครโมโซม T-loop ได้รับการดูแลโดยโปรตีนหลายชนิด ซึ่งเรียกรวมกันว่ากลุ่มของที่พักอาศัย (shelterin complex) ในมนุษย์ คอมเพล็กซ์ที่พักพิงประกอบด้วยโปรตีน 6 ชนิดที่ระบุเป็นTRF1 , TRF2 , TIN2 , POT1 , TPP1และRAP1 ในหลายสปีชีส์ ลำดับซ้ำจะอุดมไปด้วยกัวนีนเช่น TTAGGG ในสัตว์มีกระดูกสันหลังซึ่งทำให้เกิดการก่อตัวของG-quadruplexes ซึ่งเป็นโครงสร้างพิเศษของ DNA ที่เกี่ยวข้อง กับการจับคู่เบสที่ไม่ใช่วัตสัน-คริก มีชนิดย่อยที่แตกต่างกันขึ้นอยู่กับการมีส่วนร่วมของ DNA สายเดี่ยวหรือสายคู่ เหนือสิ่งอื่นใด มีหลักฐานว่าส่วนที่ยื่นออกมา 3 นิ้วในซิลิเอต (ซึ่งมีการทำซ้ำของเทโลเมียร์คล้ายกับที่พบในสัตว์มีกระดูกสันหลัง ) เพื่อสร้าง G-quadruplexes ที่รองรับมัน แทนที่จะเป็น T-loop G-quadruplexes เป็นอุปสรรคต่อเอนไซม์เช่น DNA-polymerases และดังนั้นจึงคิดว่าเกี่ยวข้องกับการควบคุมการจำลองแบบและการถอดความ