กลูเตนอาจทำหน้าที่เป็นพรีไบโอติก ให้อาหารแก่แบคทีเรียที่ "ดี" ในร่างกายของเรา Arabinoxylan oligosaccharide เป็นคาร์โบไฮเดรตพรีไบโอติกที่ได้จากรำข้าวสาลีซึ่งแสดงให้เห็นว่ากระตุ้นการทำงานของ bifidobacteria ในลำไส้ใหญ่ แบคทีเรียเหล่านี้มักพบในลำไส้ของมนุษย์ที่มีสุขภาพดี การเปลี่ยนแปลงของปริมาณหรือกิจกรรมของพวกมันเกี่ยวข้องกับโรคระบบทางเดินอาหาร ซึ่งรวมถึงโรคลำไส้อักเสบ มะเร็งลำไส้ใหญ่และทวารหนัก และกลุ่มอาการลำไส้แปรปรวน สิ่งที่ไม่ดีเกี่ยวกับกลูเตนคืออาจทำให้เกิดผลข้างเคียงที่รุนแรงในบางคนได้ บางคนมีปฏิกิริยาต่อกลูเตนแตกต่างกันไป ซึ่งร่างกายจะรับรู้ได้ว่าเป็นสารพิษ ทำให้เซลล์ภูมิคุ้มกันตอบสนองมากเกินไปและโจมตี กลูเตน ถ้าคนที่แพ้กลูเตนโดยไม่รู้ตัวยังคงกินกลูเตนต่อไป สิ่งนี้จะสร้างสนามรบที่ส่งผลให้เกิดการอักเสบ ผลข้างเคียงอาจมีตั้งแต่ไม่รุนแรง (เมื่อยล้า ท้องอืด ท้องผูกสลับกับท้องเสีย) ไปจนถึงรุนแรง (น้ำหนักลดโดยไม่ได้ตั้งใจ ขาดสารอาหาร ลำไส้ถูกทำลาย) ดังที่พบในโรคแพ้ภูมิตัวเอง โรคceliac. ประมาณการชี้ว่าชาวอเมริกัน 1 ใน 133 คนเป็นโรค celiac หรือประมาณ 1% ของประชากร แต่ประมาณ 83% ในจำนวนนี้ไม่ได้รับการวินิจฉัยหรือวินิจฉัยผิดด้วยเงื่อนไขอื่นๆ การวิจัยแสดงให้เห็นว่าผู้ที่เป็นโรค celiac มีความเสี่ยงสูงต่อโรคกระดูกพรุนและโรคโลหิตจาง (เนื่องจากการดูดซึมแคลเซียมและธาตุเหล็กที่ผิดปกติตามลำดับ); ภาวะมีบุตรยาก; ความผิดปกติของเส้นประสาท และมะเร็งในบางกรณี  ข่าวดีก็คือการขจัดกลูเตนออกจากอาหารอาจทำให้ความเสียหายกลับคืนได้ การรับประทานอาหารที่ปราศจากกลูเตนเป็นวิธีการรักษาทางการแพทย์เบื้องต้นสำหรับโรค celiac อย่างไรก็ตาม การทำความเข้าใจและปฏิบัติตามการรับประทานอาหารปราศจากกลูเตนอย่างเข้มงวดอาจเป็นเรื่องที่ท้าทาย อาจจำเป็นต้องได้รับคำแนะนำจากนักโภชนาการที่ลงทะเบียนเพื่อเรียนรู้ว่าอาหารชนิดใดมีกลูเตนและเพื่อให้แน่ใจว่าได้รับสารอาหารที่เพียงพอจากทางเลือกอื่นที่ไม่มีกลูเตน